diff --git a/src/fileops.c b/src/fileops.c
index f9552a5f8..2f86ba1e4 100644
--- a/src/fileops.c
+++ b/src/fileops.c
@@ -766,6 +766,9 @@ static int futils__rmdir_empty_parent(void *opaque, const char *path)
 
 		if (en == ENOENT || en == ENOTDIR) {
 			/* do nothing */
+		} else if ((data->flags & GIT_RMDIR_SKIP_NONEMPTY) == 0 &&
+			en == EBUSY) {
+			error = git_path_set_error(errno, path, "rmdir");
 		} else if (en == ENOTEMPTY || en == EEXIST || en == EBUSY) {
 			error = GIT_ITEROVER;
 		} else {